规模宏伟、气势壮观，造型逼真、工艺精细，排列紧凑、场面富丽，像群泥金彩绘，历经千年不变，令人称绝。其丰富多彩的艺术，为研究我国历史、宗教史、雕塑、绘画、书法、服饰、图案、建筑及社会风尚等各个方面，提供了大量的文物资料。它是我国古代劳动人民智慧的结晶，也是祖国光辉灿烂的文化艺术花园中的一朵奇葩。
钟山石窟为典型的纵轴式布局佛寺，现开掘石窟五个，以中窟三号窟保存为完整为主窟。走进主窟，三尊释迦牟尼的佛像赫然展现在眼前，称之为“三世佛”。仔细观察会发现，这三尊释迦牟尼坐的莲花台是不同的：一个坐台没有莲花，一个是还未开放的莲花台，而后一个是盛开的莲花台，代表着过去、现在、未来。每尊佛像左右分别侍立着大弟子迦叶与二弟子阿难。石窟内大多数作品以佛教故事为主。到了明代万历年间，又在主窟的外壁上，精雕了道教老子及关帝的造像。清代儒教盛行，又将孔子的造像补雕其上，历史上称为三教圣人，是我国历史上佛、道、儒三教合一的产物，从而使这一珍贵的艺术宝库更加丰富完整。石窟墙壁上呈现着千姿百态的罗汉、婀娜多姿的菩萨，每一尊佛像都是留给后世的惊世之作。综观石窟，它具有极高的历史、科学、艺术研究价值。
首先，就其造型来看，它继承了唐代造像丰满圆润的写实之风，其刀法细腻，比例准确，造型比唐代的作品更多样化、世俗化，并着重了对人物内心世界的刻画，更加富有生活气息。中外学者认为，其历史价值、艺术价值不在云冈石窟、龙门石窟、敦煌莫高窟之下，对研究佛、道、儒的发展演变具有极其重要的意义。
其次，从构图上讲，有很高的艺术造诣。四壁万佛排列紧凑，工艺精细，协调有致，形象各异，无一雷同，实乃神斧鬼凿、巧夺天工之作。更值得一提的是，在一个160平方米的石窟里，所有造像都是就地雕刻而成，与石窟浑然一体，证实了石窟艺术，“拓雕”一词原非虚构。经专家鉴定，这万余尊石雕造像均系国家一级文物。
再次，雕刻价值。石窟造像十分传神，千姿百态，形象各异，从当时的形势来看，石窟艺术和造窟运动到宋代已日趋衰落，但在陕北却不相同。不仅没有衰落，反而大有崛起之势。延安地区的90多处大小石窟，绝大多数是宋代所造，这就填补了我国北宋时代石窟艺术的空白。
第四，彩绘价值。石窟的泥金彩绘保留上千年，色泽经久不衰，鲜明如初，在当今仍是一个科学之谜。
除了以上令人叹为观止的历史、科学、艺术价值，钟山石窟还有让人更为惊叹的事情。在主窟东西两侧，各有两个较小的石窟。东面是一、二号窟，经发掘整理、维修后，尚有一些保存完好的石雕，除众多小佛外，还保留有护法天王及太子出家等佛传故事。1991年，在二号窟(说法是否正确)拐角处的石缝里生长出了一棵树，看上去像泡桐非泡桐，像楸树非楸树，当时石宫寺的工作人员也不认得这棵树，连当地的林业技术员也无法确定，虽说像是菩提树却不敢肯定。因为菩提树属于热带树种，北方气候里生长此树实属罕见，要求认真观察。听说是菩提树，工作人员便倍加珍爱，他们给幼苗围上了栅栏，天旱时勤浇水，入冬时给树根围上土，树枝裹上草，在他们的精心呵护下，这棵幼树茁壮成长，枝繁叶茂。
直到2000年夏天，参加钟山石窟旅游发展规划专家评审会的西北林业设计院院长和林业部教授发现后才认定这是一棵菩提树。
专家经过分析认为，按照种子传播的方法讲，可能是大雁在南方吃进树种，北飞时粪便落下，天长日久生根发芽长出。菩提树就这样奇迹般地生长着，后来院内其它地方也陆续长出几棵。令人称奇的是杜仲树和火炬树这些热带植物也在这里生长，因为这里的温湿度并不适合菩提树生长，人们进一步认为这是钟山灵气多，的确不枉为曾经的宗教圣地。
石窟内外，碑碣题记甚多，除重修碑记八通外，还有人咏叹诗词近百首。自1988年1月13日钟山石窟被列为重点文物保护单位，国家多次拨款进行了维修，其面貌焕然一新。如今，红墙绿瓦延伸秀延河畔，一桥南北飞架，河沟变通途。沿台阶而上，便可尽观钟灵毓秀的钟山石窟。
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